Karta podatkowa jest najprostszą formą podatku dochodowego – niemniej jednak na opodatkowanych w tej formie podatnikach ciążą pewne obowiązki.
W przypadku decyzji negatywnej podatnik ma obowiązek wybrać inną formę opodatkowania
Dalej idą obowiązki podatnika, jeśli utracił wskutek wydania decyzji prawo do karty podatkowej – musi bowiem założyć odpowiednie księgi i ewidencje poczynając od pierwszego dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym została doręczona decyzja negatywna.
W przypadku decyzji zrzeczenia się karty podatnik ma obowiązek wybrać inną formę opodatkowania
W toku prowadzonej działalności gospodarczej podatnicy zobowiązani są informować, w siedmiodniowym terminie, organ podatkowy o wszelkich zmianach, jakie zaszły od czasu złożenia wniosku PIT-16, o ile zmiany te powodują utratę prawa do karty lub mają wpływ na wysokość podatku. Niezgłoszenie w siedmiodniowym terminie zmian danych powodujących utratę prawa do karty, ewentualnie wpływających na podwyższenie podatku, skutkuje wygaśnięciem decyzji w sprawie karty podatkowej.
Jeśli podatnik zgłosi przerwę w prowadzeniu działalności najpóźniej w jej pierwszym i przedostatnim dniu ma prawo do obniżenia karty podatkowej za cały okres przerwy trwającej nieprzerwanie, co najmniej 10 dni w wysokości 1/30 miesięcznej należności za każdy dzień przerwy.
Praktyką jednak niektórych organów podatkowych jest żądanie od podatników składania informacji o wszelkich zmianach, jako niezbędnej do ewentualnej zmiany decyzji w przedmiocie karty podatkowej. Za niezgłoszenie w siedmiodniowym terminie zmian w zatrudnieniu lub podanie danych powodujących utratę prawa do karty, ewentualnie wpływających na podwyższenie podatku skutkuje wygaśnięciem decyzji w sprawie karty podatkowej.
Podstawowym i w zasadzie jedynym prawem podatnika opodatkowanego kartą do ulgi podatkowej jest możliwość odliczenia zapłaconych składek na obowiązkowe ubezpieczenie zdrowotne.