Apteka to działalność, w której podatki trzeba analizować równolegle z przepisami branżowymi. Z jednej strony to zwykły biznes sprzedający towary i zatrudniający personel, z drugiej – działalność regulowana przez Prawo farmaceutyczne, wymagająca zezwolenia i działania w szczególnym reżimie. Dlatego przy aptece nie wystarczy zapytać „jaki podatek wybrać” – trzeba od razu uporządkować kilka obszarów naraz.

⚠ Ważne

Apteka nie może być opodatkowana ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych. Ministerstwo Finansów wskazuje to wprost – z ryczałtu wyłączone są podmioty osiągające przychody z tytułu prowadzenia aptek.

Podatek dochodowy – jakie formy są dostępne

Osoba fizyczna prowadząca aptekę musi co do zasady rozważyć skalę podatkową albo podatek liniowy. Jeżeli działalność prowadzona jest w spółce kapitałowej – wchodzi CIT.

Forma opodatkowania Stawka Kiedy warto rozważyć
Skala podatkowa 12% / 32% Niższe dochody, dostęp do ulg podatkowych
Podatek liniowy 19% Wyższe dochody, brak dostępu do większości ulg
CIT (spółka z o.o.) 9% / 19% Działalność w formie spółki kapitałowej
Ryczałt Niedostępny dla aptek

VAT w aptece – nie ma jednej stawki

To właśnie VAT jest jednym z największych ryzyk w aptece. Błąd w stawce na jednym produkcie, powtarzany w setkach sprzedaży, może oznaczać poważną zaległość. W praktyce nie wystarczy powiedzieć „sprzedaję leki, więc mam 8%” – trzeba oddzielić produkty lecznicze od pozostałego asortymentu.

Rodzaj towaru Stawka VAT
Produkty lecznicze dopuszczone do obrotu 8%
Określone wyroby medyczne 8%
Suplementy diety, kosmetyki, akcesoria 23%
Niektóre towary żywnościowe 5%

Kasa fiskalna, ZUS i podatek od nieruchomości

Apteka prowadząca sprzedaż detaliczną musi co do zasady ewidencjonować sprzedaż na kasie rejestrującej i wydawać paragony albo faktury. Apteka zatrudniająca farmaceutów i techników farmaceutycznych pełni też funkcję płatnika PIT oraz ZUS. Jeżeli działa w lokalu użytkowym – dochodzi jeszcze podatek od nieruchomości.

Przykłady praktyczne

Przykład 1 – JDG

Farmaceutka prowadzi aptekę jako jednoosobową działalność. Nie może wejść na ryczałt, więc wybiera skalę albo liniowy. Sprzedaż leków rozlicza stawką 8%, kosmetyki według innych zasad. Musi prowadzić kasę, rozliczać pracowników i pilnować poprawności VAT na każdym rodzaju towaru.

Przykład 2 – spółka z o.o.

Apteka działa jako spółka z o.o. – podatek dochodowy to CIT spółki, a osobno pojawia się opodatkowanie wspólników przy wypłacie zysku.

DGC Biuro Rachunkowe

Przy aptekach największe problemy pojawiają się nie przy wyborze formy podatku dochodowego, ale przy VAT i prawidłowej klasyfikacji asortymentu. Pomagam spojrzeć na aptekę jak na działalność regulowaną, w której błędy podatkowe bardzo łatwo łączą się z ryzykiem branżowym.

Podstawa prawna

Ustawa o zryczałtowanym podatku dochodowym (wyłączenie ryczałtu dla aptek) · Ustawa o PIT / Ustawa o CIT · Ustawa o VAT – załącznik nr 3 · Ustawa z 6 września 2001 r. – Prawo farmaceutyczne.